十三世纪蒙古帝国跟吐蕃宗教国有属主关系,十四世纪时,蒙古政权被逐出长城,吐蕃跟蒙古的联系也告断绝。后来,不知道什么原因,吐蕃的名字消灭,而被称为乌斯藏。到了十七世纪,又不知道什么原因,乌斯藏的名字也消灭,而改称为土伯特。
土伯特则分为四区:
一、藏(后藏,今西藏西部)
二、卫(前藏,今西藏中部)
三、喀木(也简称康,今西藏东部及四川省最西部)
四、青海(青海湖及柴达木盆地,二十世纪二十年代改称青海省)。
公元1644年清朝入关。在西藏五世达赖喇嘛阿旺洛桑嘉措,得到信奉格鲁教派的新疆、青海蒙古和硕特部首领固始汗的支持。固始汗率蒙古军从青海入藏,经过一系列作战,并与五世达赖喇嘛属下的人员一起谋划,于公元1642年推翻了统治卫藏二十多年的日喀则噶玛噶举教派的藏巴汗政权,开始取得格鲁派在藏区的优势地位,在拉萨建立起“甘丹颇章”这一格鲁教派的权威机构。此举震动了全藏。当时,卫藏地区局势动荡不定,噶玛噶举派的僧众和藏巴汗政权的残余势力仍在许多地方掀起叛乱,反对格鲁派和甘丹颇章权力机构。
固始汗和甘丹颇章采取了巩固政权的各项措施,除派兵镇压各地叛乱外,一是在拉萨与喇嘛人多势众的哲蚌、色拉两寺紧密联系,二是动工重新修建宏伟的布达拉宫以示威慑,三是寻求新近入主中原的清廷作为靠山。清朝当时一方面还顾不上直接统治西藏这类边远地区,一方面又需应付尚未很好归附的蒙古各部的威胁。决定拉拢五世达赖喇嘛和固始汗,使之归附朝廷,于是顺治皇帝邀请五世达赖喇嘛赴京。公元1652年(顺治九年),五世达赖喇嘛经过长途跋涉,于年底到达北京,顺治皇帝对五世达赖喇嘛进行正式册封,
颁赐金册金印。此后,历世达赖喇嘛都必须经过中央政府册封,成为一项制度。
五世达赖喇嘛取得清帝的上述重大支持,特别是受到正式册封,返藏以后,使格鲁教派的统治地位和甘丹颇章机构的权力大大加强,达赖在全藏也更有号召力。
公元1661年,顺治皇帝逝世,康熙皇帝即位,仍然大力支持达赖、班禅两喇嘛为首的格鲁教派,每年均派人到西藏看望达赖喇嘛,朝廷与西藏地方的关系不变。
1682年,达赖五世逝世,最高执政官桑结秘不发丧,仍用达赖的名义,为自己向中国请求封号,清政府不知道内情,就加封桑结为土伯特国王。桑结跟当时准噶尔汗国的噶尔丹可汗,秘密结盟。噶尔丹对库伦(蒙古乌兰巴托)活佛的指责和对外蒙古的攻击,都是桑结出的主意。
直到一六九七年,噶尔丹自杀,清廷才知道一直是桑结从中捣鬼,向桑结责问达赖何在,并暗示要派遣军队去勘察达赖的生死。